Der größte Teil des ATP wird bei Tieren, Pflanzen und den meisten Bakterien durch ATP-Synthasen gebildet. Ihr Aufbau unterscheidet sich in den verschiedenen Organismen in Details. Das Grundprinzip der Struktur und der Funktion der ATP-Synthase ist jedoch bei allen Organismen das Selbe.
Die hier dargestellten Moleküle zeigen den Aufbau der ATP-Synthase des Bakteriums Escherichia coli (kurz: E. coli), das im Darm von Tieren und Menschen lebt. E. coli ist bei den Molekularbiologen ein beliebter Modellorganismus, der auch von den ATP-Synthase-Forschern sehr intensiv untersucht wird.